Yeşilköy 1924 yılına kadar Ayastafanos (St. Stefano, St. Etienne ) adını taşımıştır. Yeşilköy adı semte 1930’da, İstanbul’un idari yapısının yeniden düzenlenmesi sürecinde verilmiştir. 1924 yılında uzun yıllar burada oturmuş ünlü yazarımız Halit Ziya Uşaklıgil’in teklifi üzerine semtin adı Yeşilköy olarak değiştirilmiştir. Türk edebiyatının tanınmış simalarından Halit Ziya Uşaklıgil’in uzun yıllar Yeşilköy’de oturduğu ve semtin bu adı almasında büyük rol oynadığı bilinmektedir.
Evliya Çelebi’ye göre ise, Ayastefanos adı, birçok tarih kitabında özellikle Tevarih-i Ali Osmani’de İstanbul’un efsanevi kurucusu Medyan oğlu Yanko’nun oğlu Aya İstefan’dan geldiği şekliyle belirtilmiştir.
En çok bilinen ve dilden dile söylenen isim ise, bir Hristiyan azizinin isminin olduğu ve onun adına Yeşilköy’de yapılmış ancak bu güne kadar gelememiş eski bir kiliseden aldığı yönündedir.
Yeşilköy’e eski adını veren bu aziz Yeşilköy ile ilgili hikâyesi dilden dile aktarılan ve çok değişik anlatımları olan bir söylence niteliğindedir. Tarihi kaynaklarda Aziz Stephanus olarak geçen bu aziz, Hristiyanların ilk din kurbanlarından ve diyakoslarından birisidir. Gamaiel’in çömezi olup sonradan din değiştirmiştir. Yahudiler tarafından Musa’ya küfür etmekle suçlanmış, Kudüs din mahkemesine çıkarılarak suçlu bulunmuş ve M.S. 33 te taşlanarak öldürülmüştür.
Bu olaydan uzun bir zaman sonra bu azizin mezarı Filistin’de yapılan bir araştırma sonunda bulunur. Mezarda bulunan kemikleri o zamanki Bizans İmparatoru tarafından İstanbul’a getirilir. Haberi alan Papa, bu kemiklerin Vatikan a getirilmesini isteyince kemikler bir gemi ile İstanbul’dan Vatikan’a doğru yola çıkarılır.
İstanbul limanından ayrılan gemi, bugünkü Yeşilköy Burnu önlerine gelince büyük bir fırtınaya tutulur ve yoluna devam edemeyerek fırtınanın dinmesi için Yeşilköy sahillerine yanaşır. Azizin kemiklerini götüren heyet şiddetli fırtınanın devam etmesi üzerine karaya çıkmak zorunda kalır. Azizin kemiklerini taşıyan lâhit, bugünkü Rum kilisesinin bulunduğu yerde kurulan bir çadıra konulur ve fırtınanın dinmesi beklenir.
Fırtınanın 10-12 gün sonra dinmesinden sonra heyet buradan ayrılarak yoluna devam eder. Fırtına süresince kemiklerin saklandığı yere bu olayın anısına azizin anısını taşıyan bir manastır yapılır. Köyde zamanla gelişir ve Ayastefanos adıyla anılmaya başlar.
Azizin kemiklerini götüren heyet köyde kaldığı sürece etrafta bulunan çobanlar tarafından etle beslenir. Ortodokslarda kurban kesme âdeti olmadığı halde bu olaya hürmeten her yıl belirli günlerde Yeşilköy’de deniz kıyısında bu olayın anısına kurban kesilir.
Yeşilköy'ün tarihi bir hayli eskidir. Geç Bizans ve Roma dönemlerinde burada, Marmara kıyısı boyunca burada yazlık saray ve ikametgâhlar bulunduğu, hatta daha önce kentin Roma döneminde bile burada bahçeleri denize açılan yazlık villaların olduğu yazılmaktadır.
Evliya Çelebi, Arapların İstanbul’u almak için yaptıkları büyük seferlerin üçüncüsünde İstanbul’u alamayıp dönerlerken Yeşilköy’ü de tahrip ettiklerini belirtmiştir
IV. Haçlı Seferleri sırasında Latin orduları İstanbul’u almadan önce 23 Haziran 1203 tarihinde karargâhlarını Yeşilköy civarında kurmuş, donanmalarını Yeşilköy açıklarında demirlemişlerdir. Latin ordularının başkanı Dandalo (Ayasofya da gömülüdür) buradaki kilisede ‘’Te Deum ‘’ ayini düzenlemiştir.
Yeşilköy, İstanbul’un Fethinden önce Türk topraklarına katılmıştır. Fatih’in emri üzerine Dayı Karaca Bey komutasındaki güçler, Bizans’ın Trakya’daki pek çok merkezi ile birlikte 1453 Şubatı’nda Yeşilköy’ü alırlar.
Osmanlı döneminde küçük bir Rum köyü olan Ayastefanos, Sultan II. Mehmed’in kuvvetleri tarafından İstanbul’un kuşatmasına bir hazırlık olarak, bölgedeki başka yerleşmelerle birlikte Şubat 1453’te Osmanlı topraklarına katılmıştır. Bazı tarihçilere göre Fatih, Yeşilköy-Zeytinburnu önlerinde cereyan eden Ayastefanos deniz savaşını, Yeşilköy Burnu’nda atını denize sürmek suretiyle cesaretlendirmiştir.
Yeşilköy de XVIII. Yüzyıldan kalma birkaç yapı bulunmaktadır. Bunlardan bir tanesi İstasyon Caddesi sonunda itfaiyenin (şimdiki İGDAŞ Binası) karşısında uzun süre karakol olarak kullanılmış üstü ahşap altı kârgir bina (şimdi ortalarda yok yıkılmış) bu devre ait tarih taşıması açısından da ilginçtir. Kapının üstündeki tarih Hicri 1170 yılını göstermekteydi. Buna göre yapının 1752 ler de yapıldığını kabul edebiliriz.
