Ermenistan’ın Karabağ’da başlattığı işgal harekatı sırasında 1992 yılında yaptığı Hocalı katliamının ardından Hocalı’dan kaçanların sığındığı Ağdam, 1993’te işgal edildi. Kentte yaşayanlar başka yerlere göç ederken, Ermeni işgal güçleri tarafından kent, tampon bölge haline getirilerek tamamen insansızlaştırıldı. Bugün kent savaşın ve insansızlaşmanın etkisiyle bir hayalet şehir görünümüne sahip. 1868 yılında inşa edilen kentin camisi Cuma Mescidi'nin duvarlarında kurşun izleri görülüyor. Cuma Mescidi'nde Azerbaycan Cumhurbaşkanı Haydar Aliyev tarafından Mekke'den getirdiği Kur'an-ı Kerim yer alıyor.
